สาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ประยุกต์ เป็นส่วนหนึ่งของภาควิชาคณิตศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ มจธ. มีคณาจารย์ที่มีประสบการณ์งานสอนและงานวิจัยจำนวนมากที่ได้รับการยอมรับในระดับนานาชาติ มีบุคลากรฝ่ายสนับสนุนที่อุทิศเพื่อช่วยพัฒนานักศึกษาในทุกๆ ด้านทั้งการเรียนรู้ กิจกรรม สังคม และวัฒนธรรม ภาควิชายังมีอุปกรณ์การเรียนการสอน ห้องปฏิบัติการ เครื่องมือวิจัยพื้นฐานและชั้นสูงที่เกี่ยวข้องอย่างเพียงพอ มีห้องสมุดเฉพาะทางที่รวบรวมหนังสือและตำราที่ทันสมัยด้านคณิตศาสตร์ คอมพิวเตอร์และสถิติ จำนวนเพื่อเป็นแหล่งค้นคว้าอ้างอิง นอกจากนี้ มจธ.ยังมีหอสมุดกลางที่มีตำราด้านเทคโนโลยี วิศวกรรม บริหาร ศิลปะและอื่นๆ รวมกันมากกว่า 140,000 เล่ม มีวารสารวิชาการต่างๆกว่า 1,800 รายการ มีแหล่งเรียนรู้และเข้าถึงฐานข้อมูลวิชาการแบบออนไลน์ที่ก้าวหน้าที่สุดของโลก
ในปี พ.ศ. 2554 สาขาฯ ได้ปรับปรุงหลักสูตรปริญญาตรีสาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ประยุกต์ ใหม่ตามข้อกำหนดของประกาศกระทรวงเรื่องมาตรฐานคุณวุฒิระดับปริญญาตรีสาขาคอมพิวเตอร์ พ.ศ. 2552 และสอดคล้องกับมาตรฐานหลักสูตรวิทยาการคอมพิวเตอร์ (Curriculum of Computer Science) ของ Association for Computing Machinery (ACM) ของ สมาคมคอมพิวเตอร์ IEEE ซึ่งเป็นมาตรฐานชั้นนำระดับนานาชาติที่ยอมรับทั่วโลก และจะเริ่มต้นใช้หลักสูตรปรับปรุงนี้ในปีการศึกษา 2555 เป็นต้นไป