คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี ก่อกำเนิดมาจากคณะวิชาสามัญในคณะครุศาสตร์อุตสาหกรรมและวิทยาศาสตร์ ให้บริการการสอนวิชาพื้นฐานด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งเป็นคณะวิทยาศาสตร์ ตั้งแต่เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2533 ดังปรากฏในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ 107 ตอนที่ 146 ลงวันที่ 15 สิงหาคม 2533 และได้รับการอนุมัติการแบ่งส่วนราชการตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 107 ตอนที่ 190 ลงวันที่ 27 กันยายน 2533 คือ สำนักงานคณบดี ภาควิชาคณิตศาสตร์ ภาควิชาเคมี ภาควิชาจุลชีววิทยา ภาควิชาฟิสิกส์ และศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์เพื่อมาตรฐานและอุตสาหกรรม

 
 
2554
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาเอกเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาเคมี (เปิดรับภาคการศึกษา 2/2554)
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาโทเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาเคมี
 
2553
 
 
 
2548
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาตรีเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาสถิติประยุกต์ และระดับปริญญาเอกเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีโพลิเมอร์ (ปิดหลักสูตรเมื่อปีการศึกษา 2554)
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาโทเพิ่ม 2 สาขา คือ สาขาวิชาเคมีศึกษา และสาขาวิชาฟิสิกส์ศึกษา หลักสูตรระดับปริญญาเอกเพิ่ม 2 สาขา คือ สาขาวิชาฟิสิกส์ และสาขาวิชาวิทยาศาสตร์ชีวภาพ
 
2547
 
 
 
2546
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาตรี สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ประยุกต์ หลักสูตรระดับปริญญาโทสาขาวิชาการสอนคณิตศาสตร์ และ หลักสูตรระดับปริญญาเอก สาขาวิชาคณิตศาสตร์ประยุกต์
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาตรีเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร
 
2540
 
 
 
2539
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาโทเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาจุลชีววิทยาประยุกต์
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาโทเพิ่ม 2 สาขา คือ สาขาวิชาเคมีอุตสาหกรรม และ สาขาวิชาฟิสิกส์
 
2536
 
 
 
2533
 
ได้รับการจัดตั้งเป็น คณะวิทยาศาสตร์ และเริ่มเปิดสอนหลักสูตรระดับปริญญาโท สาขาวิชาแรก คือ สาขาวิชาคณิตศาสตร์ประยุกต์
 
จัดตั้งภาควิชาจุลชีววิทยา และ ศูนย์เครื่องมือเพื่อมาตรฐานและอุตสาหกรรม
 
2528
 
 
 
2525
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาตรีเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาจุลชีววิทยา
 
เปิดหลักสูตรระดับปริญญาตรีเพิ่ม 1 สาขา คือ สาขาวิชาเคมี
 
2520
 
 
 
2519
 
จัดตั้งภาควิชาฟิสิกส์ ภาควิชาคณิตศาสตร์ ภาควิชาเคมี และเปิดหลักสูตรวิทยาศาสตร์บัณฑิตสาขาวิชาฟิสิกส์ และ สาขาวิชาคณิตศาสตร์
 
เป็นสายวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ในคณะครุศาสตร์อุตสาหกรรมและวิทยาศาสตร์
 
2514
 
 
 
2503
 
เป็นคณะวิชาสามัญ มีหน้าที่บริการการสอนวิชาพื้นฐานวิทย์-คณิต